由于EVE的再度逃脱，寻找她的踪迹已经刻不容缓，进化中的EVE，无疑是一个巨大威胁的存在……
【唐人街】街面地图非常简单，一直往前即可，途中不要漏掉道具。走到尽头，前田正在调查地下水道入口处的一些可疑肉块，阿娅再次只身前往下水道探索。
【地下水道】这里虽然交叉口比较多，但地图仍然简单，建议花上几分钟时间绕过每一个死角，里面的道具还是值得一拿的。出了下水道，爬上楼梯，经过一座桥，这里是一个储水区，能看见大量的黏液。前往泵房，打开电源，并操作水泵排出黏液，再关闭，这样就可以通过泵房的小门离开，经过抽干水的水道，进入废弃的地下铁道。
【地下铁道】存档，搜刮道具然后前进（两条路都一样），在两条铁轨的交汇处，会碰上一个强劲的对手。
BOSS战：蜈蚣，HP900，行动迅速，攻击带有毒属性，后期分裂为四段，提起精神，集中火力一一击破。
这附近有一截废弃的车厢，不可错过。之后一路往前，调查北面桥上的尸体可获得离开地下铁道的钥匙，DISC1到此为止，换盘。
【第3码头仓库】可去可不去的地方，不过建议转一下，搜罗一下工具和其他道具以及碰一下最深处的BOSS。
BOSS战：大螃蟹，HP830，攻击方式和攻击力都较为可观，嘴巴吐出的水泡是有毒的，而眼睛的激光攻击伤害非常大，剩余HP过低有可能被激光直接挂掉。正确的打法是先打掉两只钳子，尽量不要在正面，对于水泡可以迅速移到另外一测，完全可以躲避。击败后获得火箭筒AT4——垃圾一个，收集罢了。
【博物馆】阿娅再次来到博物馆拜访克兰普博士，他很有可能掌握着更多的秘密而没有透露。但一进门就发现他在躲避，阿娅一路追踪（地图上逆时针方向经过），最后发现没有出口，原路退回。
回到大厅，从正前方进入，会找到通向2层的楼梯。[补充：其实在博物馆里可以随意乱转，能进就进，碰到答题机还可以玩迷你游戏赢道具，攻略的路线只是效率更高，少走弯路]然后一路走到左上角的房间，在门后可以发现处于室外的紧急阶梯，可通1层和3层，这样1楼大石像房间的道具就能拿到了。
阿娅在三楼调查时，突然发现被人锁了门，只有另寻出路。在中部有一个房间里的玻璃窗是破的，利用这个缺口返回二楼，沿走廊前进到控制室，有存档点，解除警报，电梯开启。先别急着离开，在房间右侧还有个隐藏电梯，里面的物品不要忘了。
正在阿娅出门的一刻，不可思议的一幕发生了，大量黏液涌向一楼展厅的霸王龙骨骼化石，迅速滋生开来……它活了！（CG）
回到二楼右侧克兰普博士的办公室，发现了前田，有关这个事件的内幕越发明晰了起来，玛娅（MAYA）和阿娅的是两姐妹，她们在小时候曾经接受过来自日本的器官移植，捐献者为出车祸的母女，而这对母女的丈夫和父亲正是研究细胞生物学的专家，因此阿娅也具有PE能力，在EVE事件中觉醒，而当时主刀医师就是克兰普。克兰普在研究线粒体的无性繁殖，而联系此前一天在弗朗西斯医院的人工精子库的相关调查，不难发现梅丽莎也曾经使用过这类器官，由于她经常使用药物来抑制排斥反应，慢慢地身体抵抗能力变弱，觉醒的线粒体细胞逐渐控制了她的身体乃至意识，完全变成EVE，开始了向人类世界的报复……。
正在此时，绝望的克兰普突然扑向阿娅，幸好丹尼尔及时赶到，将其制服。而克兰普也遭到了报应，他的身体起火了！取得克兰普的钥匙，就能去博物馆剩下所有此前未曾到过的地方。
【3层】左下的房间，BOSS二连战：三角龙，HP2000，其EXP高达50000，为整个游戏之最！三角龙以电击和冲撞为主要攻击手段，当头部被打掉后，行动突然加速，横冲直撞，小心应付，同时要注意留一部分药物对付下一个BOSS。
【1层】BOSS二连战：霸王龙，HP2500。当打完三角龙后，没有机会去其他地方，就会被推下一楼，落在霸王龙所在的展厅。攻高防高的大块头，口吐火龙和尾巴横扫是主要的攻击方式。只是有些笨，同样要远离正面，慢慢耗即可。打完回到三楼，最左下角房间会有隐藏房间，里面有一周目最强武器——M9改2[注：美版的M9改2比日版要多2点攻击（53+2），相对的M8000也多4点攻击（57）]，如果此前工具不是浪费了太多的话，现在是到了用武之地了，多余的BP值爱用哪里用哪里，因为随后就是更为紧张的BOSS连战。
【4层】终于又遇到了EVE，此时的她肚子高高隆起，谁都不知道她所孕育的会是怎样的一个胎儿。就当阿娅把枪对准EVE的时候，纽约城的地下蠢蠢欲动，无数令人恐怖的黏液从下水道冲天而起，在空中交织成一个巨大的人形黏液怪，把EVE带走了。
美国海军的武装直升机紧急出动，迅速从四面八方包围了这个巨大的怪物，但是发射的导弹去完全穿不透怪物的保护罩，相反，直升机却被它轻松击落。阿娅不顾劝阻，亲自驾机带领又一个进攻分队起飞，在还未靠近的情况下，其他直升机纷纷爆炸坠毁。孤军奋战的阿娅在极近的距离攻击成功，终于击倒了怪物。爆炸产生的巨大冲击力，推倒了自由女神像……（CG）
【自由岛】就在众人击节相庆的时候，阿娅发现怪物倒下的地方，EVE仍然存在！
BOOS二连战：第四形态EVE，HP2000+1650+2400，分为头、身、尾三个目标，攻击方式多样，先打尾部，不要靠太近，否则被抓住可是非常痛苦的事。关键是把握各部分的攻击方式和规律，使自己的躲避和攻击都有高效率，循序渐进从下到上消灭目标。
BOSS二连战：第五形态EVE，HP2300。处理完第四形态的EVE，相信这里应该能相对轻松地过关了，注意她在空中时候是无法瞄准的，当然也不需要靠得很近才瞄准，因为BOSS移动非常快，同时别忘了及时解除不良状态，消灭EVE只是时间问题。
EVE的脸在扭曲，身体在融化，她终于被消灭，这漫长而艰难的一天，也过去了……
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