EVE被消灭，海军正在进行清理工作，大家纷纷向阿娅表示祝贺，众人走向甲板……空气中充满着怪异的气氛，EVE的那个胎儿在此时降生了！这个怪婴拥有着邪恶而强大的力量，它周围的舰船、飞机纷纷爆炸，海军立即组织所有人员撤离。但阿娅决定留下来，她明白，只有她才可以对付这个完全体。前田似乎要给阿娅什么东西，但被心急的丹尼尔拎走了，阿娅整理装备，面对最后的挑战……
【准备室】在这里可以同NPC对话，选择命名的武器和防具，可以带到二周目，同时可以得到一部分补充药品，以及存取所有必要的道具，做最后的存档。
【甲板】最终BOSS四连战
完全体1：HP1300，婴儿状态，没什么威胁，注意及时躲避其大范围攻击即可，轻松击破，然后第一次变身。
完全体2：HP1200+1800，前半部分打完后，完全体2会分身，一个为空中的翅膀，及一个趴在地上的婴儿。观察BOSS的攻击方式，保持对地上目标的一定距离（靠得太近会被扑到），利用激光攻击的间隔狠狠地打就是了（只需打地上一个目标即可），注意空中部分的袭击，取胜后BOSS第二次变身。
完全体3：HP4300，这是最强状态，行动十分迅速，而且造成的伤害不菲。如果躲不过就拼药，当然，也可以一次耗尽满格PE来一个华丽的Liberate（LV33习得，打到这个份上，一般不会低于35级），然后就轻松多了。击败完全体3，再一次变身。
完全体4：HP8000。此时阿娅的攻击只能造成1的伤害，远在直升飞机上的前田才说刚才要给阿娅的是注入了她细胞的弹夹，丹尼尔一把抓过，奋不顾身地跳出机舱，在下落的过程中准确的把弹夹掷给了阿娅……绿色的巨大怪物在甲板上挣扎，但它居然没有死！
最后的时刻，不是打，而是逃。进入舱门，会提示战舰示意图，此时千万不要试着去存档，否则就准备再去打一次最终BOSS吧……一定要一路前进。不管阿娅跑得多快，切换场景后怪物总跟在后面，当然也不需要惊慌，在有分叉的走廊左拐，经过动力室的时候记住开启自爆装置，此时怪物已经追了下来，不过不需要理会，绕过它，跑到下方的楼梯处，然后一条路奔到底就可以了。
阿娅浮在海面上，看着火光熊熊的残骸，这一切终于结束了。
前田向阿娅解释着她的过去，原来阿娅在七岁的时候，右眼还曾接受过玛娅的眼角膜移植，这意味阿娅经常出现幻象，其实是玛娅最后的记忆，但这并无科学证明。当这部分线粒体进入阿娅体内的时候，也许经历着和EVE不同的进化过程……而与阿娅共生的线粒体，依然具有EVE的能力。线粒体之于人类如同人类之于这个生存的环境，其目的就是为了将自己的基因遗传下去……
[结尾]大家又回到修复后的剧场，观赏同一幕演出。阿娅的眼睛又感受到了异样的变化，剧场里其他观众的眼睛也开始变红了……
STAFF名单过后，耐心等待存档画面，接下去可以进入二周目，将会增加一座77层的克莱斯勒大厦，真正的结局等着你去完成。
……